Az Enteprise továbbra is a Földet fenyegető xindi eszközt próbálja felkutatni, Archer pedig hol szép szóval, hol agresszív fellépéssel lendíti előre a küldetést. A harmadik évadban időutazás, veszélyes anomáliák, Shran visszatérése, valamint Trip két hetes életciklussal létrehozott klónja színesíti…