A második évad készítése közben váratlan vezetőségcserével kell szembenéznie a Star Trek: Discovery-nek, ugyanis az eddigi showrunnerek, Gretchen J. Berg és Aaron Harberts hirtelen jött leköszönésével Alex Kurtzman vállalja át a pozíciót. A stábtagok elmondása alapján az írószobában toxikussá vált a légkör, ezért sokak számára nem volt kellemes a Discovery történetén dolgozni.
A történtekkel kapcsolatban a CBS az alábbi hivatalos nyilatkozatot adta ki a sajtó számára:
"A Star Trek: Discovery-nél néhány változtatást eszközöltünk a producerek tekintetében, a sorozat a vezető producer és társ-alkotó Alex Kurtzman kreatív irányításával folytatódik. A Discovery 2019-ben, a második szezonban is halad tovább a saját pályáján, olyan új és átívelő történetekkel, amelyekre a sikeres első évad is épült."
Berg és Harberts 2016-ban vették át a vezetést az akkoriban távozó Bryan Fullertől, aki a sorozat eredeti koncepcióját a kezdetek kezdetén megalkotta. Amellett, hogy több epizód írásában részt vettek, a producer páros az első évad premierje óta aktívan képviselte a sorozatot, gyakorlatilag a Discovery kreatív stábjának az arcai voltak. A The Hollywood Reporter értesülései szerint távozásuk nem a kreatív munkájukkal van összefüggésben, sokkal inkább súlyos konfliktusok húzódnak meg a háttérben:
"Berg és Harberts növekvő gorombasággal kezelte a Discovery írókat, utóbbival kapcsolatban elmondták, hogy a stáb egyik tagja az írócsapat asztalán áthajolva, üvöltő káromkodások közepette lett kiosztva. Több író is közölte, hogy kellemetlenné vált a sorozaton dolgozni, és azzal lettek megfenyegetve, hogy az emberi erőforrásoknál tegyenek panaszt, vagy egyszerűen hagyják el a sorozatot, mielőtt Kurtzman is értesülne Berg és Harberts körül kibontakozó problémákról. A HR-nél hallható pletykák után Harberts állítólag azzal regulázta meg a stábot, hogy a produkció problémái belső ügynek számítsanak."
A The Hollywood Reporter ezen kívül azt is elmondta, hogy a második évad premier epizódja eléggé túlszaladt a költségvetésen, ez pedig a folytatásokból lesz lefaragva.
Nem csak a Berg és Harberts lépnek le (akik valószínűleg a második szezon első öt epizódjában lesznek feltüntetve az alkotók között), Akiva Goldsman sem tér vissza. Goldsman szintén Bryan Fuller távozáskor érkezett a csapatba, az első szezonban pedig két részt meg is rendezett, egyik ezek közül a szezonzáró volt.